1、在線滅菌：采用在線蒸汽滅菌時，一定要考慮濾芯材質是否能耐受滅菌必須的溫度和壓差，滅菌前要排凈管路和過濾器中的冷凝水；滅菌中要讓整個過濾系統每個點都要達到滅菌必須的溫度，同時注意濾芯前后壓差不能超過額定值；滅菌后過濾系統內要通入氮氣或其他潔凈的氣體來降低系統溫度，同時使系統內保持一定的正向壓力，使系統內處于無菌狀態；
2、離線滅菌：離線滅菌一般常用真空滅菌的方法。滅菌時要注意過濾和濾芯的放置位置，必須保證過濾器進口、出口、排污口、壓力表口等各個管口都能被蒸汽透過，保證過濾器腔體內面能充分接觸蒸汽；
3、輻射滅菌：對于不方便使用在線滅菌和離線滅菌的過濾器和其他附件，可采用輻射滅菌的方法。有些附件輻射滅菌的次數不能太多，否則有可能增加可提取物水平。
